Permasalahan Wilayah
Banyaknya potensi yang ada jika tidak diimbangi dengan kualitas SDM yang baik dan kurangnya perhatian dari pemerintah dan masyarakat tentunya potensi tersebut tidak dapat berkembang. Terlepas dengan banyaknya potensi wisata yang terdapat di Kabupaten Gunung Kidul, ternyata tidak terlepas dari berbagai permasalahan yang terjadi. Terutama di daerah – daerah yang tidak terjangkau oleh pemerintah, daerah terpencil atau daerah pinggiran. Beberapa permasalah tersebut diantaranya adalah :
1. Pengelolaan Sektor Unggulan Belum Optimal
​
​

Kenyataannya masih banyak potensi pantai yang masih sangat membutuhkan perhatian untuk dikembangkan terutama di wilayah yang terpencil, namun hal tersebut tidak akan terjadi jika tidak adanya aksi dari pemerintah maupun masyarakatnya untuk mengembangkannya. Masyarakat masih memiliki pemahaman pengelolaan sektor unggulan berdasarkan tradisi atau turun temurun. Disamping itu, upaya pemerintah untuk terlibat dalam pengelola diperlukan dalam memberikan pemahaman terhadap potensi ekonomi di lautan. Keterlibatan masyarakat dalam mengoptimalkan sektor unggulan kawasan pantai menjadi bagian penting dalam meningkatkan pendapatan masyarakat
2. Fasilitas dan Aksesibilitas yang Kurang Memadai
Fasilitas dan aksesibilitas merupakan hal penting sebagai penunjang untuk meningkatkan daya tarik atau minat wisatawan untuk berkunjung ke tempat tersebut. Jika fasilitas dan aksesibilitasnya buruk, maka dapat dikatakan bahwa kualitas tempat wisata tersebut buruk juga. Seperti yang terjadi pada potensi wisata pantai di Gunung Kidul, ternyata masih banyak hambatan mengenai fasilitas dan aksesibilitas di beberapa pantai terutama di daerah terpencil. Mulai dari jalannya yang rusak, kurangnya petunjuk arah, medan yang sulit, jalan sempit dan fasilitas yang kurang memadai. Hal – hal tersebut tentunya akan menurunkan minat wisatawan untuk berkunjung ke tempat tersebut.


3. Persebaran Ekonomi dan pembangunan yang kurang merata
Kondisi perekonomian di wilayah ini ternyata masih belum merata. Pemerintah daerah masih bergantung pada pemerintah pusat dan masyarakatnya masih bergantung pada pemanfaatan sumber daya alam yang ada. Selain itu, faktor kualitas SDM juga mempengaruhi hal ini. Di Kabupaten Saptosari dan Kecamatan Girisubo sendiri masih dianggap wilayah yang tertinggal baik dari segi ekonomi, infrastruktur dan pembangunannya. Pembangunan dan Pemeliharaan atas infrastruktur jalan yang kurang berkembang juga menyebabkan laju perekonomiannya lambat
4. Kurangnya sumber perairan air bersih yang memadai setiap saat untuk penunjang kegiatan sehari-hari
Letak daerahnya yang berada di wilayah pesisir dan tanahnya yang terdiri dari karst dengan struktur batu gamping menyebabkan masyarakat di Kecamatan Saptosari dan Girisubo masih kesulitan dalam menemukan sumber air permukaan dan mendapatkan air bersih yang digunakan untuk konsumsi. Adanya potensi sungai bawah tanah belum bisa dimanfaatkan secara optimal karena kedalaman dan alirannya yang belum terpetakan. Saat ini masyarakat masih mengandalkan suplai air bersih dari jaringan PDAM, bak Penampung Air Hujan (PAH) dan dropping air.

5. Terbatasnya ketersedian signal komunikasi yang ada pada daerah terpencil di gunung kidul
Di Kecamatan Saptosari dan Kecamatan Girisubo sendiri masih sulit untuk mendapatkan sinyal telepon dan jaringan telekomunikasi karena letaknya yang jauh dari pusat pemerintahan dan masih dianggap terpencil. Hal ini juga menyebabkan penyebaran informasi dan komunikasi dari wilayah ini masih sulit. Sehingga arus informasi dalam rangka memacu kegiatan ekonomi yang semakin menuntut pelayanan yang efisien, efektif dan cepat belum dapat terlaksana.
6. Jaringan Energi Listrik dan Penerangan
Permasalahan mengenai ketersediaan jaringan listrik dan penerangan di beberapa tempat wisata dan jalan belum mempunyai jaringan listrik yang memadai sehingga membuat minimnya penerangan yang mungkin akan membahayakan wisatawan atau masyarakat sekitar. Selain itu, karena terbatasnya anggaran (dana APBD), menyebabkan belum dapat terlaksananya pemenuhan sarana prasarana yang dapat mempermudah masuknya listrik ke berbagai wilayah.